Ancak bu operasyon Boothby için hastalığının sonu değildi. Kemik iliği nakli sonrasında, graft-versus-host sendromu olarak bilinen durumu geliştirdi. Kemik iliği nakli sonucunda üretilen yeni, sağlıklı kan hücrelerinin kendi vücuduna saldırmasıyla sonuçlanan bu durum, yeni bir sorunun başlangıcı oldu.